Em Outubro de 2003, Flávio Bolsonaro, na época deputado estadual no Rio de Janeiro, concedeu sua primeira Moção de Louvor ao tenente da Polícia Militar, Adriano Magalhães da Nóbrega, destacando sua contribuição no combate ao crime. Apenas em junho de 2005, Flávio entregou também a Adriano a Medalha Tiradentes, a maior honraria do Estado, quando o oficial se encontrava preso no Batalhão Especial Prisional, aguardando julgamento por homicídio, do qual foi absolvido anos depois. Firmado como um dos líderes da milícia de Rio das Pedras e do grupo de extermínio conhecido como “Escritório do Crime”, Adriano teve sua mãe e sua mulher empregadas por Flávio em seu gabinete na Assembleia Legislativa do Estado do Rio de Janeiro (Alerj). O Ministério Público do Rio de Janeiro aponta que o miliciano detinha parte dos valores arrecadados em um esquema de “rachadinha” sob a administração de Fabrício Queiroz, ex-assessor e policial militar que atuou juntamente a Flávio.
No mês de março de 2004, Flávio Bolsonaro apresentou uma nova Moção de Louvor àquele que era major na época, Ronald Paulo Alves Pereira, pelos seus serviços prestados em segurança pública. Essa homenagem ocorreu apenas três meses após uma chacina que culminou na morte de cinco jovens na Baixada Fluminense, crime que o major já estava sob investigação discreta e pelo qual seria condenado posteriormente pela Justiça, além de ser apontado como um dos líderes da milícia de Rio das Pedras. Nesse mesmo ano, Flávio também outorgou Moção de Louvor ao tenente-coronel Claudio Luiz de Oliveira, reconhecendo seu trabalho à frente de batalhões da Polícia Militar. Posteriormente, Claudio foi condenado a 36 anos de reclusão, sendo considerado o mandante intelectual do assassinato da juíza Patrícia Acioli, morta com 21 tiros em 2011.
Ainda em 2004, Flávio prestou homenagem ao militar da reserva, Lício Maciel, exaltando suas ações no combate à Guerrilha do Araguaia, na década de 1970. Além disso, em 2006, Flávio fez uma Moção de Louvor ao tenente-coronel Arlei Balbino por seus serviços no patrulhamento urbano, apesar de o oficial ter sido réu em ações civis públicas por improbidade administrativa. No ano seguinte, foi a vez do major Edson Alexandre Pinto de Góes receber uma homenagem pela atuação nos batalhões de Operações Especiais da Polícia Militar, mas anos depois, ele se tornou alvo de investigações financeiras e foi condenado a cinco anos de prisão por lavagem de dinheiro e ocultação de bens de origem ilícita.
A última Moção de Louvor que Flávio concedeu foi em 2008 ao major Edson Raimundo dos Santos, reconhecendo sua competência como líder na Polícia Militar. Contudo, cinco anos após a homenagem, Edson foi responsabilizado por tortura, homicídio e desaparecimento do ajudante de pedreiro, Amarildo de Souza, levando à sua condenação a mais de 13 anos de prisão.
Esses laços de Flávio Bolsonaro com figuras ligadas ao crime organizado e a sua atuação na Alerj levantam sérias questões sobre os vínculos do parlamentar com o submundo da criminalidade no Rio de Janeiro.
